Prólogo = Un individuo se está sometiendo a una terapia de micromaquinaria cerebral. Motoko Kusanagi se encuentra en un apartamiento, preparándose para acudir a una reunión militar de la Sección 9 , pero ella no está sola en la vivienda, está con un hombre con el que mantiene una relación íntima (él es agente de Sección 1). De pronto, uno de sus vecinos ( Sr. Sabita ) les interrumpen, cuando Kusanagi se acerca para abrir la puerta, el vecino dispara violentamente con un arma de asalto. Kusanagi logra disparar en la refriega y alcanza al vecino quien muere inmediatamente, sin embargo La Mayor se da cuenta que en el cuerpo del hombre hay una segunda bomba (C4 y con clavos) que explota. Poco después, Aramaki es informado del atentado contra La Mayor quien se encuentra hospitalizada, éste y Batou se apresuran para conocer el estado de salud de la agente pero afortunadamente se encuentra estable – tanto ella como su novio con el que sale desde hace 7 meses...